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Ecole internationale PACA Manosque

Thématique d'étude : Classification des bactéries océaniques recueillies lors de la mission Tara océans fondée sur la comparaison des séquences d'ADN

Feutris de cyanobactéries filamenteuses (C. Sardet/CNRS/Tara océans)

Ecole internationale PACA, Manosque

http://www.ecole-internationale.ac-aix-marseille.fr/spip/spip.php?rubrique131

Professeur participant au projet

Stéphane Amilhat      stephane.amilhat-at-ac-aix-marseille.fr

Classe concernée : option Lab Sciences (1S / S6)

nombre d’élèves:  8 élèves

Partenaires

Tara océans

Laboratoire d'Information Génomique et Structurale, CNRS UMR7256       Aix-Marseille Université
                         

 

Problématique du projet:

Pour ce projet nous travaillons en collaboration avec Pascal Hingamp, un biologiste du laboratoire de génomique de l'université Aix-Marseille, afin de déterminer et classer les différents échantillons récoltés lors de la mission Tara océans. Notre étude se fonde sur l'étude des échantillons d'ADN récoltés et séquencés par le génoscope. .

 

Objectifs du projet:

L'étude des séquences d'ADN récoltées nous permet, via le site www.annotathon.org, de rechercher les séquences homologues aux séquences récoltées et d'établir une phylogénie de ces séquences. Des logiciels de bioinformatique nous permettent de transcrire et traduire les séquences d'ADN récoltées, de rechercher les protéines homologues (BLAST) et de les situer dans leur contexte phylogénétique.

 


 


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