Phylogenie - TARA23S_3634010
Laura Gauché
Emilie Chantoin
Ruri Shu
Anais Feldmann
Ruben Manuel
Tomas Rigaux
Lina Andersson
Phylogenie - TARA7S_3634040
40 - BLAST
Manosque
Tara Oceans est une expédition internationale qui a eu lieu entre 2009 et 2012. Une équipe de sept scientifiques ont voyagé autour du monde dans une géolette en aluminium de 36 mètres avec une équipe de cinq explorateurs; une organisation qui mène des enquêtes sur les écosystèmes marins afin d'en apprendre davantage sur le changement climatique. Tara océans a été la première tentative d'effectuer une étude globale des écosystèmes planctoniques et de corail; un vaste dédale de l'environnement qui couvre presque toute la planète. Les données collectées pendant cette mission vont nous permettre de "prendre le pouls" de la Terre car ces microorganismes vont dégager une image pertinente de la santé des océans. Cependant, Tara Océan a collecté une quantité colossale d'échantillons qui prendront des années à être analysée.
Pour ce projet nous travaillerons en colaboration avec Pascal Hingamp, un biologiste du laboratoire génomique de l'université Aix-Marseille,afin de classifier les différents échantillons non-identifiés trouvés lors de l'étude de leurs séquences d'ADN. Nous travaillerons sur ce projet pendant l'heure d'accompagnement personalisé (sciences pratiques) dirigée par Stéphane Amilhat, professeur de biologie de notre école.
International School PACA Manosque
Classification of oceanic bacteria based on the comparison of DNA sequences ("Tara oceans" mission)
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International School PACA, Manosque http://www.ecole-internationale.ac-aix-marseille.fr/spip/spip.php?rubrique131 Teacher leading the projectStéphane Amilhat stephane.amilhat-at-ac-aix-marseille.fr Class : option Lab Sciences (1S / S6)number of students : 8 Scientific cooperationTara oceans |
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Oceanic bacteria
to click on the following link :
http://grainesdexplorateurs.ens-lyon.fr/archives-1/2011-2012/projets/tara/manosque/carnet-dexplorateur
- organisation and properties of bacteria
- The following link gives you information about the organisation and properties of bacteria It also details you the metabolism of oceanic cyanobacteria.
- Résultats analyses comparaisons séquence ADN
- Début le 8 janvier 2013 Première analyse des séquences d'ADN et des protéines correspondantes. Nous avons choisi les gènes qui codaient pour les plus longues protéines.
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Result of transcription and translation of DNA sequence (Emilie Chantoin_ Lina Andersson)
- We have analyzed a DNA sequence using: http://www.bioinformatics.org/sms2/orf_find.html We have done a transcription and a translation.
- Résultats analyses comparaisons séquence ADN 2
- Début le 8 janvier 2013 Première analyse des séquences d'ADN et des protéines correspondantes. Nous avons choisi les gènes qui codaient pour les plus longues protéines.
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The explorators
the students thjat participate to the project
- List of students
- Surname, name, and photo of eight students that are taking part in the project "From the boat to the lab". These students come from three different classes of school "Ecole internationale PACA de Manosque": Andersson Lina, Chantoin Emilie and Shu Ruri are in the class of S6, Daly Maggie is in S7, and Gauché Laura, Feldmann Anais and Manuel Ruben and Rigaux Tomas are in the class of 1S.
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Séquences TARA analysées
Manuel - Rigaux
- Résultat du BLASTp au format FASTA suite au rapport taxonomique
- Nous avons gardé tous les résultats correspondant aux "gammaprotéobactéries" et nous avons choisi comme groupes extérieurs les résultats dont le e-value était le plus faible (epsilonproteobactéries, deltaproteobacteries, betaproteobactéries...).
- Protocoles
- Les protocoles des différentes étapes : site source, réglages, données à extraire, ...
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Phylogénie de la séquence TARA_7S 3634040
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