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Manosque

Tara Oceans est une expédition internationale qui a eu lieu entre 2009 et 2012. Une équipe de sept scientifiques ont voyagé autour du monde dans une géolette en aluminium de 36 mètres avec une équipe de cinq explorateurs; une organisation qui mène des enquêtes sur les écosystèmes marins afin d'en apprendre davantage sur le changement climatique. Tara océans a été la première tentative d'effectuer une étude globale des écosystèmes planctoniques et de corail; un vaste dédale de l'environnement qui couvre presque toute la planète. Les données collectées pendant cette mission vont nous permettre de "prendre le pouls" de la Terre car ces microorganismes vont dégager une image pertinente de la santé des océans. Cependant, Tara Océan a collecté une quantité colossale d'échantillons qui prendront des années à être analysée. Pour ce projet nous travaillerons en colaboration avec Pascal Hingamp, un biologiste du laboratoire génomique de l'université Aix-Marseille,afin de classifier les différents échantillons non-identifiés trouvés lors de l'étude de leurs séquences d'ADN. Nous travaillerons sur ce projet pendant l'heure d'accompagnement personalisé (sciences pratiques) dirigée par Stéphane Amilhat, professeur de biologie de notre école.

Ecole internationale PACA Manosque

Thématique d'étude : Classification des bactéries océaniques recueillies lors de la mission Tara océans fondée sur la comparaison des séquences d'ADN

Feutris de cyanobactéries filamenteuses (C. Sardet/CNRS/Tara océans)

Ecole internationale PACA, Manosque

http://www.ecole-internationale.ac-aix-marseille.fr/spip/spip.php?rubrique131

Professeur participant au projet

Stéphane Amilhat      stephane.amilhat-at-ac-aix-marseille.fr

Classe concernée : option Lab Sciences (1S / S6)

nombre d’élèves:  8 élèves

Partenaires

Tara océans

Laboratoire d'Information Génomique et Structurale, CNRS UMR7256       Aix-Marseille Université
                         

 

Problématique du projet:

Pour ce projet nous travaillons en collaboration avec Pascal Hingamp, un biologiste du laboratoire de génomique de l'université Aix-Marseille, afin de déterminer et classer les différents échantillons récoltés lors de la mission Tara océans. Notre étude se fonde sur l'étude des échantillons d'ADN récoltés et séquencés par le génoscope. .

 

Objectifs du projet:

L'étude des séquences d'ADN récoltées nous permet, via le site www.annotathon.org, de rechercher les séquences homologues aux séquences récoltées et d'établir une phylogénie de ces séquences. Des logiciels de bioinformatique nous permettent de transcrire et traduire les séquences d'ADN récoltées, de rechercher les protéines homologues (BLAST) et de les situer dans leur contexte phylogénétique.

 


 


Afficher Graines d'explorateurs 2013 sur une carte plus grande

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Bactéries océaniques

cliquer sur le lien suivant : http://grainesdexplorateurs.ens-lyon.fr/archives-1/2011-2012/projets/tara/manosque/carnet-dexplorateur
Phylogenie - TARA23S_3634010 Analyses des séquences génomiques (Manuel-Rigaux) (1)
Organisation et propriétés des bactéries
Le lien suivant vous présente un résumé de l'organisation et des propriétés des bactéries. Le métabolisme des cyanobactéries océaniques est aussi précisé.
Résultats analyses comparaisons séquence ADN
Début le 8 janvier 2013 Première analyse des séquences d'ADN et des protéines correspondantes. Nous avons choisi les gènes qui codaient pour les plus longues protéines.
Fichier ODT document Result of transcription and translation of DNA sequence (Emilie Chantoin_ Lina Andersson)
Résultats analyses comparaisons séquence ADN 2
Début le 8 janvier 2013 Première analyse des séquences d'ADN et des protéines correspondantes. Nous avons choisi les gènes qui codaient pour les plus longues protéines.

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Les explorateurs

Les élèves participant au projet
Laura Gauché Laura Gauché
Emilie Chantoin Emilie Chantoin
Ruri Shu Ruri Shu
Anais Feldmann Anais Feldmann
Ruben Manuel Ruben Manuel
Tomas Rigaux Tomas Rigaux
Lina Andersson Lina Andersson
Les explorateurs 2013
Nom, prénom et photo de huit élèves qui participeront au projet "From the boat to the lab". Ces élèves viennent de trois classes différentes de l'Ecole Internationale PACA de Manosque: Andersson Lina, Chantoin Emilie, et Shu Ruri sont dans la classe de S6, Daly Maggie est dans la classe de S7, et Gauché Laura, Feldmann Anais, Manuel Ruben et Rigaux Tomas sont dans la classe de Première S.

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Séquences TARA analysées

Manuel - Rigaux
BG10 [1] TARA23S_3634010 (2)
[2] TARA30D_3634020 (0)
BG30 [3] TARA7D_3634030 (2)
Phylogenie - TARA7S_3634040 [4] TARA7S_3634040 (3)
[5] TARA7S_3634050 (0)
Tableau des Acides Aminés Images (2)
Résultat du BLASTp au format FASTA suite au rapport taxonomique
Nous avons gardé tous les résultats correspondant aux "gammaprotéobactéries" et nous avons choisi comme groupes extérieurs les résultats dont le e-value était le plus faible (epsilonproteobactéries, deltaproteobacteries, betaproteobactéries...).
Protocoles
Les protocoles des différentes étapes : site source, réglages, données à extraire, ...
Fichier PDF document Phylogénie de la séquence TARA_7S 3634040

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